硫酸锰是重要的微量元素肥料之一，可用于作基肥、浸种、拌种、追肥及叶面喷洒，能促使作物生长、增加产量。在畜牧业和饲料业中，用作饲料添加剂，可使牲畜和家禽发育良好，并有催肥效果；也是加工油漆、油墨催干剂萘酸锰溶液的原料；合成脂肪酸时用作催化剂。此外，还可用作造纸、陶瓷、印染、矿石浮选、电解锰的生产原料及制造其他锰盐的原料。